Moleculas

      7 comentarios en Moleculas

Me disperso demasiado, lo se, pero no puedo evitarlo.
Resulta que mientras hacia las páginas de soygeek, un grupo de amigos con intereses geek, y las que estoy preparando sobre como trabajar el metacrilato (van a estar muy completas) se me ocurrio que podia representar las moléculas de los monómeros del metacrilato y policarbonato mediante un Flash que las dibujase bonitas en 3D y que permitiera su rotación e identificación de átomos y enlaces.
Me puse a investigar y encontré un pequeño flash a medio terminar realizado por Edwin Heijmen que presentaba en unas dudosas 3 dimensiones (usa circulos en lugar de esferas y sin colores) una molécula de un compuesto desconocido.
Con ello aprendí que existe una definición a partir del XML de un lenguaje de descripción de moléculas llamado CML y que en el vienen todos los datos necesarios para representar la molécula, como por ejemplo en esta de la cafeína. También he aprendido que existen otros formatos mas primitivos como el protein database PDB, que para despistar mas se llama igual que el Palm DataBase y el formato MOL originario de la empresa MDL, desde los que se pueden obtener CMLs con conversores como el Open Babel.
Después de esta labor de investigación, y para tener algo por lo que empezar, descompilé el flash con el descompilardor de Sothink, lo estudié y me hice a continuación el mio propio, con una aproximación de POO que ya he utilizado en algunos otros proyectos de Action Script.
Mi SWF es mas permisivo con el formato CML y acepta los campos en cualquier orden, cosa que el CML reader en flash que use de base, no hacía.
He cambiado los circulos grises por esferas coloreadas siguiendo el esquema de colores CPK ( Corey, Pauling, Kultin), los enlaces entre átomos que antes eran líneas los he hecho con cilindros coloreados también, y le he metido algún otro añadido, como la posibilidad de enlazar cada átomo con una URL o ponerle comentarios. También permite que se le especifique el nombre del archivo CML por parametro de llamada.
En fin, que si alguien necesita algo así y para que no tenga que descompilarlo, dejo aqui el código fuente en Action Script de los objetos junto con el FLA que define la visualización y el SWF compilado mas una página que lo lanza. No está comentado ni exquisitamente programado, pero algo tengo que dejar para vosotros ¿no?



aún no he sido capaz de encontrar archivos CML, MOL o PDB de las moléculas de metil metacrilato y Bisfenol A + Carbonato que son las que en un principio pretendía representar. ¿Alguna ayuda?

Actualización (28/11/2004): Gracias a Dominique Verreman he conseguido las moléculas que andaba buscando. Me las ha pasado en MOL y las he convertido a CML con el Open Babel. Los resultados muy pronto en la guia del metacrilato!!

7 pensamiento sobre “Moleculas

  1. Kayet

    Me puedes indicar la sintaxis que hay que poner en el Open Babel para paras un archivo llamado aspirin.pdb al formato cml?
    He hecho un monton de intentos y no consigo hacer una conversión.
    Gracias

  2. Makinolo

    La sintaxis es esta:
    obabel -ipdb aspirin.pdb -ocml aspirin.cml
    Con eso deberia funcionar.

  3. Fernando

    hola he tratado de bajar los xml de moleculas e integralo y solo sale una molecula cual es mi falla

  4. Makinolo Autor del artículo

    Probablemente en el codigo fuente del flash esté puesto a saco el nombre del archivo que tiene que leer. Tendrías que modificar el .fla y recompilarlo con el nuevo nombre de archivo de molecula, o bien renombrar la molecula que quieres representar y ponerle el nombre que está leyendo el programa.

  5. Fernando

    Ya hice el cambio dentro del código fuente del flash y sigue lo mismo; la cosa es como creo una nueva molécula “X” para mostrar en el flash y que salga completa y no solo una bolita; puesto a que he bajado las que están en el enlace que indicas y no funcan … agradecería tu ayuda

  6. tatiana

    saves eso no me fue para nada balido mejor escribe como podemos hacer proyectos con moleculas para ferias de ciencias

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